„ატლანტიდის გულები“ მოგვითხრობს ბობი გარფილდზე, რომელსაც ბავშვობაში უცნაური და იდუმალი მოხუცი, ტედ ბროტიგანი, მეზობლად უჩნდება. ტედს აქვს უნიკალური ზებუნებრივი ნიჭი – მას შეუძლია აზრების წაკითხვა და მომავლის ნაწილის დანახვა. ბობი და ტედი მალე ხდებიან მეგობრები, მაგრამ ტედს ეძებენ „დაბნელი კაცები“, რომლებიც მის განსაკუთრებულ უნარებს დასდევენ. ფილმში ნაჩვენებია ბობის ბავშვობის ტკივილი, ცხოვრებისეული გაკვეთილები და ის მოგონებები, რომლებიც მას სამუდამოდ დარჩება. „ატლანტიდის გულები“ არის სევდიანი, მისტიკური და ემოციური ისტორია ბავშვობის, მეგობრობის, განშორებისა და საიდუმლოებების შესახებ, სადაც ფანტასტიკური ელემენტები რეალობასთან ჰარმონიაში ერწყმის.